El PRI abarca cuatro líneas estratégicas de reincorporación: económica, social, política y comunitaria. Cada una busca atender las necesidades específicas de los firmantes, sus familias y las comunidades, a través de una oferta amplia e integral.  

Promueve el acceso y goce efectivo e integral de los derechos de firmantes y colectivos en reincorporación, sus grupos familiares y los demás destinatarios del PRI, a través de líneas de acción que buscan contribuir en los procesos que promueven la construcción de ciudadanías activas y transformadoras de la realidad, así como el goce efectivo de los derechos como parte fundamental para la construcción de paz, el buen vivir y la garantía de no repetición.

Busca generar las condiciones institucionales para la reducción o eliminación de las barreras para el acceso a los derechos en el marco de las competencias institucionales y generar capacidades en las personas en proceso de reincorporación para fortalecer su capacidad de toma de decisiones.  

Los ejes temáticos que la componen son acompañamiento para el bienestar psicosocial, educación, salud y protección social, hábitat, así como programas especiales como reunificación familiar y acompañamiento a los grupos familiares de las personas en proceso de reincorporación fallecidas o desaparecidas.

Su objetivo es generar condiciones y capacidades para acceder a ingresos económicos en condiciones dignas para los firmantes y sus colectivos y grupos familiares, según sus intereses y necesidades.  

Los proyectos productivos son iniciativas o acciones, individuales y colectivas que desarrollan las y los firmantes de paz para hallar salidas económicas sostenibles. Se establecen siete parámetros básicos para medir su sostenibilidad:  

1. Fortaleza técnica y financiera. 
2. Fortaleza organizativa y asociativa. 
3. Fortaleza en mercadeo y comercialización.
4. Inclusión en la articulación e incidencia territorial.
5. Enfoques de género, étnico y diferenciales. 
6. Acceso a predios rurales y urbanos.
7. ​​Seguridad humana.   

Los ejes temáticos que la componen son fortalecimiento de los procesos productivos, empleabilidad e inclusión laboral digna y sostenible, fortalecimiento organizativo y asociatividad y beneficios económicos.  

Promueve la reconciliación, el fortalecimiento del tejido social y la construcción de paz territorial, mediante el desarrollo de escenarios de diálogo que favorezcan la participación de las comunidades, la prevención y superación de la estigmatización y el fortalecimiento de los procesos comunitarios.  

La reincorporación se desarrolla en territorios específicos atravesados por el conflicto armado y habitados por comunidades a donde las y los firmantes han llegado o normalizado su situación.  Por ello, se requiere una comprensión de lo acontecido en cada comunidad, teniendo en cuenta: (i) las afectaciones sociales y comunitarias que generó el conflicto armado. (ii) Las necesidades de la comunidad en términos de desarrollo social y brechas de desigualdad, relacionadas con las causas del conflicto. (iii) Las prácticas existentes en la comunidad para la transformación de conflictos y la promoción de la convivencia pacífica y la reconciliación.  

Los ejes temáticos son diálogo para la reconciliación y la construcción de paz territorial, prevención y superación de la estigmatización, así como procesos comunitarios de reconciliación y construcción de paz.

Promueve la inclusión y participación política de las y los firmantes, así como de sus expresiones colectivas con el fin de fortalecer la capacidad de plantear alternativas en la generación de consensos públicos para la transformación social y la toma de decisiones, garantizando el acceso y el goce efectivo de los derechos civiles y políticos y el fortalecimiento de la democracia.

La participación política se ve reflejada en por lo menos tres ámbitos: 

1. Procesos electorales, candidaturas, campañas, organización y funcionamiento de partidos políticos.
2. Control de procesos organizativos.
3. Administración pública, que contempla el relacionamiento, la incidencia y la veeduría en las elecciones y decisiones de las autoridades en función de los objetivos comunitarios.

Los ejes temáticos son participación electoral y participación ciudadana. ​